湖沼自体が世界遺産や天然記念物、ラムサール条約登録になっている水辺や、天然記念物の動植物を有する水辺。また、生物学、地質学など、学術的に重視されている湖沼から名勝指定されている湖沼などを集めてみました。
北海道・東北
- 知床五湖（北海道ウトロ）世界遺産。
- 然別湖（北海道鹿追）道の天然記念物で固有種のミヤベイワナが生息。
- ウトナイ湖（北海道苫小牧）ラムサール条約登録湿地。
- 春採湖（北海道釧路）国の天然記念物ヒブナ生息地。
- 阿寒湖（北海道釧路）マリモが国の天然記念物。
- 又八沼（青森県青森）市の天然記念物。
- 十二湖（青森県深浦）世界遺産の白神山麓にある33の湖沼群。
- 龍泉洞の地底湖（岩手県岩泉）水深98mの地底湖。国の天然記念物。
- 梵字が池（岩手県平泉）世界遺産。
- 小泉潟（秋田県秋田）湿原植物群落で県の天然記念物。
- 一ノ目潟（秋田県男鹿）東北唯一のマール（爆裂火口湖）。国の天然記念物。
- 琵琶沼（山形県山辺）県の天然記念物。
- 伊豆沼（宮城県登米）国天然記念物。ラムサール条約登録湿地。
- 内沼（宮城県栗原）国天然記念物。ラムサール条約登録湿地。
- 伊豆沼（宮城県栗原）国天然記念物＆ラムサール登録湿地。
- 大徳寺のウグイ生息池（宮城県登米）ウグイで国の天然記念物。
- 七ヶ宿湖（宮城県白石）ダム下の材木岩が国の天然記念物。
- 賢沼（福島県いわき）大ウナギ生息地として国の天然記念物。
- 魚淵（福島県柳津）ウグイが国の天然記念物。
- 雄国沼（福島県北塩原）岸辺のニッコウキスゲ群落が国の天然記念物。
- 平伏沼（福島県川内）モリアオガエル繁殖地。天然記念物。
- 雄国沼（福島県北塩原）ニッコウキスゲ群落が国の天然記念物。
- 猪苗代湖（福島県猪苗代）白鳥飛来地として国の天然記念物。
- 五十鈴湖（福島県郡山）桜並木は国の天然記念物だったが指定解除。
- 大泉が池（岩手県平泉）毛越寺境内にある。世界遺産。国の特別史跡。
- 舞鶴が池（岩手県平泉）世界遺産。
- 伝大池跡（岩手県平泉）世界遺産平泉の遺構のひとつ。
- クロマンタの池（仮称）（秋田県鹿角）国の特別史跡の大湯環状列石が近い。
- オンネトー湯滝の池（北海道足寄）国の天然記念物。
- 琵琶沼（秋田県横手）トゲウオ生息池として県の天然記念物。近くの酒蔵は有形文化財。
- 桂沢湖（北海道三笠）エゾミカサリュウ。国の天然記念物。
- 大揚沼（ 岩手県八幡平）モリアオガエル。国の天然記念物。
- 厳美渓の岩棚池群（仮称）（岩手県一関）厳美渓は国の天然記念物。
関東甲信
- 砂原池（長野県上田）マダラヤンマ生息地。市天然記念物
- 深見池（長野県阿南）学術調査で世界的に有名
- 茶臼山湖（長野県根羽）「ワン」と鳴く固有種のカエルが村の天然記念物。
- 上高地の湖沼群（長野県）国の特別天然記念物と特別名勝。
- 大峰古沼（群馬県みなかみ）モリアオガエル繁殖地として県の天然記念物に。
- 肘曲り池（群馬県板倉）町指定天然記念物。
- 谷中湖（栃木県栃木）ラムサール条約指定湿地。
- 出流原弁天池（栃木県佐野）県の天然記念物。名水百選。
- 羽田沼（栃木県大田原）ミヤコタナゴ。国の天然記念物。
- 宝蔵寺沼（埼玉県行田）国の天然記念物ムジナモの国内唯一の自生地。
- さぎ山記念公園の池（埼玉県浦和）特別天然記念物が指定解除。
- 三ツ池（埼玉県さいたま）近くのサクラソウ公園が国の天然記念物。
- 牛島の藤の池（仮称）（埼玉県春日部）藤の巨木が国の天然記念物。
- 自然教育園の池群（東京都港）都心の天然記念物。
- 三宝寺池（東京都練馬）浮島の植物が国の天然記念物。
- 竹岡の黄金井戸（千葉県富津）国の天然記念物のヒカリモ。
- 大谷津池（千葉県館山）ヒカリモ自生地。県指定の天然記念物「沼のサンゴ層」
- 忍野八海（山梨県忍野）国の天然記念物＆名水百選。
- 長瀞岩畳四十八沼（埼玉県長瀞）国の天然記念物。地質学発祥の地。
- あしくらの池（長野県諏訪）国の天然記念物。
- 鎌ヶ池（長野県下諏訪）国の天然記念物。
- 鬼ヶ泉池（長野県下諏訪）国の天然記念物。
- 八島ヶ池（長野県下諏訪）国の天然記念物。
- 鉄水溜（群馬県富岡）★世界遺産、国の重要文化財。
- 御手洗池（茨城県鹿嶋）★茨城県指定天然記念物。
東海・北陸
- 乙和池（新潟県佐渡）国内最大級の高層湿原性浮島。県の天然記念物。
- 佐潟（下潟）（新潟県新潟）ラムサール。日本最大の砂丘湖でもある。
- 福島潟（新潟県新潟）オオヒシクイが国の天然記念物
- 瓢湖（新潟県阿賀野）ラムサール条約指定湿地
- ヒスイ峡フィッシングパーク（新潟県糸魚川）小滝川ヒスイ産地が国の天然記念物。
- おんやの谷内（新潟県上越）市の天然記念物の里池群。
- 十二町潟水郷公園（富山県氷見）国の天然記念物をダブル取得。
- 本願清水イトヨ生息池（福井県大野）国の天然記念物。
- 片野鴨池（石川県加賀）国の天然記念物のマガン、ヒシクイが飛来。
- 十二町潟水郷公園（富山県氷見）オニバス発祥地および固有種イタセンパラで国の天然記念物ダブル。
- 三方湖（福井県若狭）ラムサール条約指定湿地。
- 本願清水イトヨ生息池（福井県大野）イトヨ生息地として国の天然記念物。
- 忍野八海（静岡県富士宮）世界遺産、国の天然記念物。
- 柿田川公園（静岡県駿東）国の天然記念物、名水百選。
- 大瀬神池（静岡県沼津）周辺のビャクシン樹林が国の天然記念物。
- 小浜池（静岡県三島）公園が国の天然記念物。
- シラヌタの池（静岡県東伊豆）モリアオガエル自生地で県の天然記念物。
- 長三池（愛知県豊橋）豊橋市の天然記念物ナガバノイシモチソウ自生地。
- 小堰西池（愛知県みよし）カキツバタ群落が国の天然記念物。
- 七宗ダム（岐阜県下呂）堰体が町の天然記念物に。
- 粥川ウナギ生息地（岐阜県郡上）国の天然記念物。
- 大智寺の池（岐阜県岐阜）境内の大杉が県の天然記念物。
- 杉焼池（岐阜県土岐）近くに国天然記念物の稚児岩。
- 御母衣湖（岐阜県荘川）移植されたエドヒガンの古木が県の天然記念物に。
- 楠根ため（三重県菰野）田光シデコブシ群落が国の天然記念物。
- 浮島沼（静岡県富士）サワトラノオ群生地として市の天然記念物。
- 平根崎の波蝕甌穴群（新潟県佐渡島）国の天然記念物。
- 山科の大桑層化石産地と甌穴（石川県金沢）
- 長尾池と葦毛湿原（愛知県豊橋）国の天然記念物＆重要湿地500。
近畿・中国
- 浮島の森（和歌山県新宮）亜熱帯と北方の植物が混在した国の天然記念物。
- 深泥池（京都府京都）住宅地内なのに氷河期の植生が保存。国の天然記念物。
- 平の沢池（京都府亀岡）国の天然記念物のアユモドキ。
- 鏡池（奈良県奈良）池に生息するワタカが県の天然記念物。
- 地獄谷新池（奈良県奈良）春日山原始林が国の天然記念物。
- 玄武洞（兵庫県豊岡）国の天然記念物。
- 古座川の一枚岩（和歌山県古座川）国の天然記念物。
- 鯉ヶ窪池（岡山県新見）湿性植物群落として県の天然記念物。
- 恐竜公園の池（岡山県笠岡）国天然記念物のカブトガニの博物館がある。
- 首洗いの池（岡山県備中高梁）ニホンザルが国指定天然記念物。
- 姫逃池（島根県大田）カキツバタ群落が県の天然記念物。
- 曹源池（京都府京都）天龍寺の庭園池。世界遺産。
- 龍安寺の石庭（京都府京都）世界遺産。
- 秋芳洞 百枚皿・千町田（山口県美祢）ラムサール＆天然記念物の地底湖。
- みどりヶ池（三重県桑名）イヌナシ自生地として国の天然記念物。
- 石楠花池（滋賀県日野）ホンシャクナゲが国の天然記念物。
- 黒ボヤ池（広島県東広島）ホンシャクナゲが県の天然記念物。
- 須賀利大池・須賀利小池（三重県尾鷲）国の天然記念物。
- 立山新湯（富山県富山）国の天然記念物。
- 三島池（滋賀県米原）マガモの自然繁殖南限として県の天然記念物。
四国・九州・沖縄
- 蟹ヶ池（高知県土佐）未曾有の超巨大地震の痕跡が池の底で発見。
- 龍河洞の地底湖（高知県香美）
- 横竹ダム（佐賀県嬉野）近くの茶の巨樹が国の天然記念物。
- 狸ノ尾溜池（長崎県大村）「狸ノ尾ため池水源の森」として国の天然記念物。
- 樺島オオウナギ井戸（長崎県長崎）オオウナギ生息地として国の天然記念物。
- 岩渕溜池（宮崎県木城）宮崎唯一のオニバス自生地。県の天然記念物。
- 川南湿原植物群落（宮崎県川南）国の天然記念物。
- 十曽池（鹿児島県伊佐）市の天然記念物。
- 藺牟田池（鹿児島県薩摩川内）国の天然記念物＆ラムサール条約登録湿地。
- 住吉池（鹿児島県姶良）近くの大クスが国の天然記念物。
- 池田湖（鹿児島県指宿）大ウナギが市の天然記念物。
- 大池（沖縄県南大東）陸封マングローブ自生地。天然記念物。
- 通り池（沖縄県下地島）天然記念物、名勝。
- 豊水源ダム（長崎県対馬）周辺が天然記念物ツシマヤマネコ生息地。
- 川平湾（沖縄県石垣島）国指定名勝。
- 七ツヶ池（宮崎県高千穂）高千穂峡は国の天然記念物。
- 出羽島のカニクイ井戸（仮称）（徳島県出羽島）オオウナギが町の天然記念物。
- 出羽島大池（徳島県出羽島）シラタマモ生息地として国の天然記念物。
- 識名園の心字池（沖縄県那覇）シマチスジノリ発生地として天然記念物。識名園は世界遺産。
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